Как утверждает обвинение, в период с 1997 по 1999 год Атаев пропагандировал у себя в селении идею создания в Карамахи шариатской республики. С этой целью он создал и возглавил незаконное вооруженное формирование. В августе-сентябре 1999 года в селении Карамахи были проведены крупномасштабные боевые действия, в результате которых мятеж был подавлен федеральными силами. В результате двухнедельных боев селение было практически полностью разрушено, погибло более 50 его жителей.
Вскоре после этого Атаев скрылся и был объявлен в федеральный и международный розыск. В августе 2004 года он явился с повинной в прокуратуру Дагестана и был отпущен под подписку о невыезде, однако в апреле 2005 был арестован и в сентябре предстал перед судом.
В ходе судебного следствия прокурор отказался от обвинения по статье 222 (незаконное приобретение, хранение, ношение оружия) и по требовал от суда приговорить подсудимого к 20 годам лишения свободы по остальным двум статьям. В итоге Верховный суд, учитывая смягчающие обстоятельства (явка с повинной, сотрудничество со следствием и болезнь обвиняемого), приговорил Атаева к пяти годам лишения свободы.
