В обращении правозащитников отмечается, что "после года следствия и года суда узникам, уже осужденным на долгие годы, предъявляют новые, значительно более суровые обвинения, причем за ту же финансово-экономическую деятельность, за которую уже был вынесен приговор, а новое следствие ведут те же, кто четыре года назад "не заметил" сейчас предъявляемые "преступные деяния".
16 февраля неожиданно появилось сообщение, что Генеральная прокуратура России завершила расследование нового уголовного дела в отношении Ходорковского. Одна часть новых обвинений состоит в том, что под руководством Ходорковского и Лебедева нефть, добываемая "дочками" "ЮКОСа", закупалась у них трейдинговыми компаниями по заниженным ценам, а затем поставлялась на экспорт по мировым. Разница же оседала в зарубежных оффшорах. Как сообщили изданию два источника, знакомых с текстом обвинения, осужденных обвиняют также и в хищении имущества в особо крупном размере, а именно акций "дочек" Восточной нефтяной компании.
В конце 1997 году, по данным издания, "ЮКОС" купил на приватизационном аукционе за 810 миллионов долларов 44 процента акций ВНК, а затем докупил бумаги на рынке, доведя свой пакет до 54 процентов. На тот момент ВНК владела контрольными пакетами акций "Томскнефти", Ачинского НПЗ и нескольких сбытовых предприятий. Но еще до этого руководство ВНК обратилось к оффшору Birkenholz с просьбой приобрести для нее 6,3 процента акций Ачинского НПЗ. Тот купил бумаги за 21 миллионов долларов, а выплатить эту сумму должна была не ВНК, а покупатель оставшихся у государства 36,8 процентов акций ВНК.
Аукцион планировалось провести в 1998 году, но не состоялся из-за отсутствия заявок. "ЮКОС" же оплачивать сделку отказался, сочтя ее невыгодной для компании. Birkenholz стала судиться и даже добилась ареста контрольного пакета акций "Томскнефти". Но "ЮКОС" добился снятия ареста, сразу после этого акции "дочек" ВНК, в том числе и "Томскнефти", были выведены в оффшоры, а ВНК в качестве оплаты получила ЗАО "Фрегат", владевшее 2 процентами акций "ЮКОСа".
В 2001 году государство начало готовить повторную продажу оставшихся акций ВНК и вновь озаботилось возвратом ее активов. Ущерб был оценен в 8-9,3 миллиардов рублей. Но в 2002 году "ЮКОС" и РФФИ заключили соглашение, по которому компания возвращает в ВНК активы, после чего фонд продает госпакет ее акций.
