Оборудование гауптвахты, порядок направления на нее арестованного, условия его приема и содержания определялись воинскими уставами: дисциплинарным, гарнизонной и караульной службы. В советское время с арестованных офицеров удерживали половину денежного содержания, а 70-80-е годы в среднем в каждом военном округе и на флоте ежегодно отправляли на "губу" от пяти до десяти тысяч человек. У военных в ходу была поговорка: "Кто не сидел на гауптвахте, тот не служил в армии".
По своей сути гауптвахта - это внутренняя армейская тюрьма и как всякая тюрьма, она была окружена ореолом романтики. Про нее и ее начальников ходили легенды, новичкам показывали камеры, где сидели известные личности. На "губе" в Киеве пришлось отсидеть комдиву Красной армии Григорию Котовскому, в Санкт-Петербурге - Валерию Чкалову. Из наших современников на гауптвахте побывали Виктор Шендерович, Виктор Астафьев, Виктор Конецкий, Найк Борзов и др.
Самая большая гауптвахта, рассчитанная на полторы сотни узников, находится в Московском гарнизоне.
До 2002 года в российской армии командир роты, желавший наказать солдата или сержанта за какой-либо серьезный дисциплинарный (но не уголовный) проступок, мог своим приказом арестовать его и отправить отбывать наказание на гауптвахту до трех суток. Вышестоящие начальники - до 10 суток. С 2002 года на гауптвахты помещали военнослужащих, находящихся под следствием, в уголовном порядке. В июне 2002 года, под давлением правозащитников и либеральной оппозиции - после того как Россия присоединилась к Конвенции о защите прав человека и основных свобод, действующей в мире с 4 ноября 1950 года, гауптвахты были ликвидированы.
Но формально гауптвахта отменена не была. Указом президента от 30 июня 2002 года "О внесении изменений в общевоинские уставы Вооруженных сил РФ" из дисциплинарного устава действительно исключалось положение о праве командира на арест подчиненных. Но тем же указом правительству поручалось в течение трех месяцев подготовить проекты законов, касающихся как раз применения ареста на гауптвахте, приведя эту норму в соответствие с международными обязательствами.
В июле 2002 года гауптвахту в российской армии отменили приказом Министерства обороны, и все упоминания о ней убрали из Уставов внутренней и караульной службы.
15 ноября 2006 года Госдума приняла в третьем чтении пакет правительственных законопроектов, восстанавливающих в армии гауптвахту.
РИА "Новости", 15.11.2006