В сентябре 2003 года губернатору Тверской области Владимиру Платову предъявлено обвинение по делу о хищении облигаций, выпущенных для погашения дефицита областного бюджета. Нанесенный ущерб оценивается почти в 500 млн. рублей. Платов был приговорен к пяти годам колонии, но затем срок смягчили до трех лет условно. От исполнения своих обязанностей отстранен не был.
В июне 2004 года возбуждено уголовное дело по фактам нецелевого использования средств ярославским губернатором Анатолием Лисицыным. 4 апреля 2005 года дело прекратили в связи с истечением срока давности. От должности не отстраняли.
В декабре 2004 года возбуждено уголовное дело против губернатора Самарской области Константина Титова, обвинявшегося в злоупотреблении служебным положением. В феврале 2005 года Титова из обвиняемого переквалифицировали в свидетеля. От должности не отстраняли.
В мае 2006 года возбуждено уголовное дело против губернатора Ненецкого автономного округа Алексея Баринова по статьям мошенничество, совершенное группой лиц в крупном размере, и покушение на присвоение имущества. Указом президента отстранен от исполнения своих обязанностей. Расследование продолжается.
В июле 2006 года возбуждено уголовное дело в отношении губернатора Хакасии Алексея Лебедя. Его подозревают в злоупотреблении должностными полномочиями. Расследование продолжается. От исполнения своих обязанностей не отстранен.
